رئیس سازمان انرژی اتمی ایران در نامه‌ای به مدیرکل آژانس بین‌المللیِ انرژی اتمی حمله اسرائیل به تأسیسات آب سنگین اراک (خنداب) را نقض آشکار اساسنامهٔ آژانس و استانداردهای ایمنی آن دانسته است.
صبح روز پنجشنبه ۲۹ خرداد، اسرائیل حمله‌ای هوایی به راکتور اراک انجام داد. فیلم سیاه و سفید منتشر شده از این حمله نشان داد که بمبی بر گنبد رآکتور فرود آمد و یک ستون عظیم از آتش و دود به هوا برخاست.
آژانس بین‌المللیِ انرژی اتمی در پی این حمله اعلام کرد از آنجایی که این راکتور در حال فعالیت نبوده و هیچ ماده هسته‌ای در آن وجود نداشته، هیچ خطری برای عموم پس از این حمله از نظر «اثرات رادیولوژیکی» وجود نداشته است.
گزارش این نهاد ناظر هسته‌ای سازمان ملل می‌گوید که هیچ اطلاعاتی در مورد هدف قرار گرفتن تأسیسات تولید آب سنگین در نزدیکی رآکتور اراک ندارد.
محمد اسلامی، رئیس سازمان انرژی اتمی ایران، در نامه خود به رافائل گروسی می‌گوید که این حملات نظامی ناقض کنوانسیون‌های ژنو و پروتکل‌های مربوطه، اساسنامهٔ آژانس و چهارچوب کاری کمیتهٔ علمی ملل متحد در خصوص آثار تشعشات اتمی است.
این نامه با اشاره به معاهدهٔ عدم اشاعهٔ سلاح‌های هسته‌ای، موافقتنامهٔ پادمان جامع بین ایران و آژانس، قطعنامه‌های شورای حکام و کنفرانس عمومی آژانس، استانداردهای ایمنی آژانس، حمله روز پنجشنبه اسرائیل را ناقض همه این موارد بر می شمارد.
ارتش اسرائیل، در مقابل اعلام کرد که جنگنده‌های این کشور تأسیسات اراک را هدف قرار داده‌اند تا از استفاده از آن برای تولید پلوتونیوم جلوگیری کنند.
آسوشیتدپرس گزارش داد که تأسیسات هسته ای اراک در حدود ۲۵۰ کیلومتری جنوب غربی تهران قرار دارد و می‌تواند پلوتونیوم تولید کند، که از آن می‌توان برای ساخت بمب اتمی استفاده کرد.
ایران در نهایت سانتریفیوژهای غنی‌سازی اورانیوم را به عنوان محرک اصلی برنامه هسته‌ای خود انتخاب کرد، از این رو به‌رغم ساخت راکتور اراک، این تأسیسات هرگز راه‌اندازی نشد.
ایران تحت توافق هسته‌ای سال ۲۰۱۵ خود با قدرت‌های جهانی موافقت کرد که تأسیسات اراک بازطراحی شود تا نگرانی‌ها در مورد گسترش سلاح‌های هسته‌ای را برطرف کند.
این کار شامل ریختن بتن در بخشی از آن بود، اگرچه کار کلی هرگز تکمیل نشد.
راکتور اراک پس از خروج دونالد ترامپ از توافق هسته‌ای در سال ۲۰۱۸ به یک نقطه اختلاف تبدیل شد.
علی‌اکبر صالحی، رئیس سابق سازمان انرژی اتمی ایران، در سال ۲۰۱۹ در تلویزیون دولتی ایران ادعا کرد که تهران قطعات اضافی را برای جایگزینی بخشی از راکتور که مقامات در آن بتن ریخته بودند، خریداری کرده است.
به دلیل محدودیت‌هایی که ایران برای بازرسان آژانس برقرار کرده است، آژانس بین‌المللی انرژی اتمی گفته است که معلومات به روز شده خود را در مورد تولید آب سنگین ایران از دست داده است؛ یعنی نمی‌تواند به طور قطعی تولید و ذخیره سازی محصولات آن را تأیید یا رد کند.
رئیس سازمان انرژی اتمی ایران در نامه به رافائل گروسی خواستار محکوم‌کردن حمله اسرائیل به رآکتور اراک شده و عمل مدیر کل آژانس به وظایف اساسنامه‌ای خود شده است.
این نامه همچنین می‌افزاید که ایران اقدامات حقوقی مقتضی «به‌ویژه در ارتباط با بی‌عملی‌های صورت گرفته» از سوی مدیر کل آژانس بین‌المللی انرژی اتمی را پیگیری خواهد کرد.
